Era il 1960 quando il “Museo civico storico artistico” di Busto Arsizio venne istituito con apposita deliberazione del Comune di Busto Arsizio. Già dall’anno precedente era attivo un comitato con il compito di dare forma all’idea di un Museo della Città, che custodisse in sé tutte le testimonianze storiche, ma soprattutto artistiche, entrate a far parte del patrimonio municipale. Per diversi anni, però, l’idea del Museo rimase sulla carta in mancanza di una sede adeguata per esporre i reperti e le opere d’arte.
Nel decennio seguente gli amministratori lavorarono per dare alla collezione una sede definitiva: venne individuato Palazzo Marliani Cicogna, di proprietà Comunale dal 1820. Il Palazzo fu dimora dei conti Marliani, proprietari del feudo di Busto Arsizio tra XVII secolo e il XVIII secolo, poi dei Cicogna tra 1799 e 1822. Successivamente fu sede degli uffici comunali e distrettuali, che snaturarono in gran parte lo stile e la conformazione strutturale.
A metà degli anni ’80, si decise di procedere ad un restauro per adibire una parte dello storico palazzo a Museo. Il 3 maggio 1990 vennero aperte al pubblico le prime otto sale in cui trovarono collocazione una cinquantina di opere tra dipinti, disegni, documenti e sculture.